Nowoczesny w pełni wyposażony Blok Operacyjny przeznaczony jest do wykonywania operacji, również w stanach zagrożenia życia, oraz wszystkich czynności poprzedzających zabieg, towarzyszących mu i niezbędnych po jego wykonaniu.

Wykonywanie operacji i zabiegów chirurgicznych odbywa się w warunkach klimatyzowanych sal operacyjnych, z użyciem nowoczesnego instrumentarium oraz aparatury anestezjologicznej w zakresie  chirurgii ogólnej dziecięcej, chirurgii urazowo-ortopedycznej, laryngologii, urologii, chirurgii plastycznej i chirurgii dermatologicznej.

Praca Bloku Operacyjnego jest nierozerwalnie związana z Oddziałem Anestezjologii i Intensywnej Terapii dla Noworodków i Dzieci, na który przekazywani są operowani pacjenci w stanach zagrożenia życia.

Blok Operacyjny Centrum Pediatrii dysponuje 2 salami operacyjnymi, salą wprowadzeń i wybudzeń oraz innymi pomieszczeniami jak np. magazyn sprzętu sterylnego czy podręcznej sterylizacji.

Personel Bloku to wyspecjalizowana kadra z wieloletnim doświadczeniem, wśród której są 3 specjalistki pielęgniarstwa pediatrycznego, a na czele której stoi Ordynator Oddziału Anestezjologii i Intensywnej Terapii dla Noworodków i Dzieci.